Gmina Witkowo kryje w sobie wiele tajemnic i nie zbadanych dotąd historii. Nie brak tu miejsc, z którymi wiążą się zagadkowe opowieści i  legendy, przekazywane z pokolenia na pokolenie. Na terenie całej gminy można znaleźć liczne ślady przeszłości. Wiemy, że we wsiach Chłądowo i Małachowo Złych Miejsc znajdują się grodziska wczesno-średniowieczne z  czasów Mieszka I.

Istnienie dwóch tajemniczych osad wiąże się z Wiekowem. Pierwsza umiejscowiona jest na wzniesieniu na półwyspie Jeziora Niedzięgiel. Drugą znacznie ciekawszą odkryto na polu znajdującym się na północ od obecnej zabudowy wiejskiej. Kolejne osady odkryto w okolicach wsi Ostrowite Prymasowskie.

Świadectwem wydarzeń minionych lat są znaleziska dokumentujące te fakty np.: figurka ?Izys? z brązu wykopana w  miejscowości Małachowo Złych Miejsc, duży skarb monet polskich i  żydowskich - brakteatów odnaleziony w Witkowie.

Historia tego obszaru sięga XII wieku. W tym czasie znana już była osada położona wśród rozległych lasów zwanych Puszczą Mokowską, na której miejscu rozwinęło się miasto Witkowo. W dokumentach po raz pierwszy nazwę miejscowości wspomniano w 1363r. Wzmianka ta dotyczyła pochodzącego z Witkowa Marcina, plebana w Tulcach. Godne odnotowania jest również to, że w XV w. wykształcony w Akademii Krakowskiej proboszcz z Witkowa Wincenty Kot osiągnął godność arcybiskupa gnieźnieńskiego i prymasa Polski. Ważnym momentem w historii Witkowa było uzyskanie w 1676r. praw miejskich, a w 1684r. przywileju organizowania jarmarków.

Ponowienie lokacji zatwierdzone przez króla Stanisława Augusta nastąpiło w 1782r. Dzięki kronikom wiemy, że przez ten region już w XV stuleciu przebiegały ważne szlaki handlowe. W 1887r. powołano powiat Witkowski (istniał do 1927r.), który oprócz Witkowa objął miasta: Czerniejewo, Mielżyn, Powidz.

Właścicielami Witkowa był wywodzący się ze Śląska, rycerski ród Korzboków, a następnie szlacheckie rodziny Spławskich, Przyjemskich, Kaczkowskich, Działyńskich, Sułkowskich, Wołłowiczów.

Piękną kartę w historii dziejów Witkowa zapisał jego dziedzic Antoni Sułkowski - późniejszy wojewoda gnieźnieński, który po pierwszym rozbiorze Polski bronił przynależności miasta do Rzeczpospolitej.

Witkowianie zawsze mieli w swoim sercu Ojczyznę i stawiali ją na pierwszym miejscu. Znani ze swojego patriotyzmu i gotowości do oddania życia w obronie kraju mieszkańcy brali udział w insurekcji kościuszkowskiej, wspierali wojska Napoleona, angażowali się także w działania wspierające powstanie listopadowe i styczniowe.

Bohaterscy mieszkańcy Witkowa uczestniczyli w przygotowaniu oraz brali udział w ciężkich walkach Powstania Wielkopolskiego. Dzielnie walczyli m.in.: w bojach o Żnin, Szublin, Rynarzewo i Nakło. Oddział liczący ponad pięćdziesięciu powstańców pod dowództwem Stanisława Połczyńskiego i Ignacego Jezierskiego przyczynił się także do zwycięstwa w trudnej batalii o  Inowrocław.

W 1918r. Witkowo zostało wyzwolone.

Miasto odzyskało niepodległość, przywrócono urzędowy język polski, polskie nazwy miejscowości oraz wprowadzono własny pieniądz powiatowy.

Po kilkudziesięciu latach Witkowo znowu musiało zmierzyć się z trudnym okresem naszej historii, jakim była II Wojna Światowa. Po jej wybuchu część ludności wysiedlono do Generalnej Guberni, a wiele osób trafiło do obozów koncentracyjnych oraz na przymusowe prace do Niemiec. W czasie trwania najstraszniejszej wojny w historii ludzkości ucierpiała znacznie dawna architektura Witkowa. Hitlerowcy zniszczyli wszystkie budynki i  obiekty świadczące o obecności ludności żydowskiej na tym terenie. Istnieć przestały m.in.: synagoga oraz kirkut- cmentarz żydowski. Podczas wojny zginęli również zasłużeni mieszkańcy Witkowa. Proboszcz Kazimierz Kaźmierczak poniósł śmierć w obozie koncentracyjnym, a działacz ruchu oporu - Klemens Grygiel został skazany na egzekucję.

Witkowianie odegrali również ważne role w walce z okupantem. W  oddziałach Armii Krajowej działał Adam Borys, który pełnił funkcję dowódcy batalionu ?Parasol?. Zasłynął on jako organizator i wykonawca zamachu na ?Kata Warszawy?- Franza Kutscherę. Drugi z mieszkańców Witkowa - Józef Skowron walczył w 300. Dywizjonie Bombowym im. Ziemi Mazowieckiej, z którym uczestniczył w lotach bojowych nad miasta niemieckie i francuskie. Ziemia Witkowska po długiej wojnie została ostatecznie wyzwolona spod okupacji hitlerowskiej 21 stycznia 1945r.

Po zakończeniu II Wojny Światowej Witkowo znalazło się w województwie poznańskim, w powiecie gnieźnieńskim. Przeprowadzona w 1975r. reforma administracyjna zmieniła przynależność Witkowa z województwa poznańskiego na województwo konińskie. Obecnie Gmina Witkowo wchodzi w  skład województwa wielkopolskiego i powiatu gnieźnieńskiego. W 1995r. część miejscowości z terenu gminy zostało wyłączonych, tworząc Gminę Powidz.